Początki toruńskiej historii sztuki sięgają roku 1945, a zatem chwili narodzin Uniwersytetu Mikołaja Kopernika. Pionierem był lwowski historyk prof. Kazimierz Hartleb (1886-1951). Utworzona przez niego Katedra Historii Kultury mieściła się, zgodnie z ówczesną tradycją uniwersytecką, na Wydziale Humanistycznym. Została ona jednak rozwiązana już w 1951 roku w ramach tak zwanego uzdrawiania ideologicznego Uniwersytetu Mikołaja Kopernika. Część pracowników przeniesiono wtedy na Wydział Sztuk Pięknych.

W roku 1997 prof. dr hab. Zygmunt Waźbiński (1933-2009) podjął starania na rzecz restytucji kierunku historia sztuki na Wydziale Nauk Historycznych (który powstał w wyniku podziału Wydziału Humanistycznego), zyskując poparcie ówczesnych władz – JM Rektora UMK prof. dr. hab. Andrzeja Jamiołkowskiego i Dziekana WNH prof. dr. hab. Janusza Małłka. Otwarty w dniu 1 października 1997 roku Zakład Historii Sztuki i Kultury został włączony do Instytutu Historii i Archiwistyki. Na jego kierownika powołano prof. dr. hab. Zygmunta Waźbińskiego. Dwa lata później, 4 maja 1999 roku, Zakład ten przekształcił się w samodzielną jednostkę Wydziału Nauk Historycznych – Katedrę Historii Sztuki i Kultury. Od roku 2004 Katedrą kierował dr hab. Tadeusz J. Żuchowski, prof. UMK, w roku 2006 przejął tę funkcję dr hab. Ryszard Mączyński, prof. UMK, zaś w roku 2024 - już na Wydziale Sztuk Pięknych - prof. dr hab. Jacek Tylicki.

Katedra Historii Sztuki i Kultury powstała zatem jako całkowicie nowa jednostka akademicka, a nie – co często się zdarza – przez wydzielenie określonej dyscypliny naukowej z dużego instytutu. Oznaczało to jednak nie tylko konieczność zbudowania od podstaw zespołu naukowo-dydaktycznego, lecz także stworzenia całego zaplecza umożliwiającego prowadzenie działalności dydaktycznej i naukowej. To niezwykle śmiałe zadanie udało się zrealizować, o czym świadczą choćby uzyskane dla kierunku historia sztuki akredytacje: Uczelnianej Komisji Akredytacyjnej w roku 2002 i Państwowej Komisji Akredytacyjnej w roku 2006 i 2009. Dowód zaś najbardziej wymierny to liczny zastęp absolwentów legitymujących się tytułem licencjata lub magistra historii sztuki, a także szereg związanych z Katedrą osób ze stopniem naukowym doktora.

W pierwszym okresie działalności Katedry kadra nauczająca wywodziła się z rozmaitych środowisk polskich i zagranicznych: Torunia, Krakowa, Poznania, Warszawy, także Paryża czy Würzburga. Wykładowcami Katedry Historii Sztuki i Kultury – poza jej założycielem prof. dr. hab. Zygmuntem Waźbińskim – byli między innymi: prof. dr hab. Wojciech Bałus (1999-2005), prof. dr hab. Jan Harasimowicz (1999-2001), dr hab. Jarosław Jarzewicz, prof. UAM (1999-2009), dr hab. Piotr Juszkiewicz, prof. UAM (2002-2009), prof. dr hab. Marian Kutzner (1999-2003), prof. dr hab. Sergiusz Michalski (1999-2001), prof. dr hab. Krzysztof Pomian (1999-2008), dr hab. Tadeusz Żuchowski, prof. UAM (2002-2006), dziś już wszyscy z tytułem naukowym profesora. Od 2000 r. pracownikiem Katedry jest ponadto dr hab. Anna Błażejewska, prof. UMK. W początkach funkcjonowania Katedry profesorami w niej pracującymi byli także dr hab. Krystyna Zielińska-Melkowska (zm. 2001) oraz prof. dr hab. Hanna Zaremska.

W maju 2009 roku przypadł – uroczyście obchodzony – jubileusz dziesięciolecia istnienia stworzonej przez prof. dr. hab. Zygmunta Waźbińskiego jednostki – Katedry Historii Sztuki i Kultury. Z tej okazji ufundowany został specjalny pamiątkowy medal, zaprojektowany i wykonany przez artystę plastyka Ryszarda Mirowskiego. Na awersie przedstawia stylizowaną formę kolumny, której kanelowany trzon tworzy nazwa miasta Toruń, a kapitel – trzyliterowy skrót UMK. Kolumna – ów symbol trwałości: Firmitas – okolona jest pełnym mianem Katedry. Na rewersie znalazła się gałązka wawrzynu z napisem: „Za zasługi”. Medalem uhonorowane zostały – wymienione wyżej – osoby, do których niegdyś należały ważkie decyzje o utworzeniu Katedry, a także osoby, od których zależy przyszły pomyślny jej rozwój: JM Rektor UMK – prof. dr hab. Andrzej Radzimiński i Dziekan WNH – prof. dr hab. Jacek Gzella.

W kolejnych latach w jednostce nastąpiło wiele zmian. Po śmierci prof. Zygmunta Waźbińskiego w 2009 r. i krótko przedtem pojawił się w niej szereg nowych pracowników. W gronie starszych byli to: dr hab. Irena Dżurkowa-Kossowska (od 2007), dr hab. Jan Wiktor Sienkiewicz (od 2009) i dr hab. Jacek Tylicki (od 2010), wszyscy obecnie profesorowie tytularni. Jednocześnie w 2015 r. odeszła na emeryturę prof. dr hab. Maria Poksińska, która jako etatowy pracownik prowadziła w Katedrze od 2008 r. zajęcia z problematyki konserwatorskiej, w 2016 r. odeszła na Uniwersytet Artystyczny w Poznaniu dr hab. Marta Smolińska, zaś w 2024 r. powrócił do Niemiec wieloletni pracownik Katedry, dr hab. Albert Boesten-Stengel.

Decyzją JM Rektora UMK, prof. dr. hab. Andrzeja Tretyna, od roku akademickiego 2019/2020 jednostka weszła w skład Wydziału Sztuk Pięknych, tracąc jednocześnie swój samodzielny status. Wydzielono z niej przy tym Katedrę Historii Sztuki XX w. w Europie Środkowej i na Emigracji, której kierownikiem pozostaje prof. dr hab. Jan Wiktor Sienkiewicz. Od roku akademickiego 2024/2025 obie Katedry funkcjonują w ramach przywróconej na Wydziale Sztuk Pięknych struktury instytutowej, jako część Instytutu Historii Sztuki i Dziedzictwa Kulturowego.